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科威特大学生物科学系遗传学副教授Hussain Bahbahani报告
      
原发表日期: 2017-11-13  文章来源: 骆驼研究院  
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2017年9月24日“一带一路”骆驼科技、产业与文化国际研讨会在阿拉善右旗巴丹吉林证隆重召开。来自科威特大学生物科学系遗传学副教授Hussain Bahbahani对于“阿拉伯半岛单峰驼全基因组序列的研究”进行了报告。

单峰驼和双峰驼属于骆驼属,双峰驼又分为野生双峰驼和家养双峰驼两个物种;其中单峰驼主要分布在西亚,撒哈拉以及东非地区,双峰驼主要分布在中亚地区;野生双峰驼分布在中国新疆塔里木盆地的塔克拉玛干沙漠、罗布泊北部、阿尔金山北麓、蒙古国以及中蒙边境的阿尔泰戈壁地区;美洲驼属的几个物种主要分布在南美南部(安第斯山脉)。根据2011年粮农组织的报道,世界上大约有2580万峰单峰驼,其中12%分布在亚洲地区;阿拉伯半岛、也门和阿联酋是世界上单峰驼数量最多的三个国家。根据毛色的不同单峰驼可分为Megaheem(黑色毛色),Magateer (白色毛色),Sofur (棕色毛色)和Shoul (黑色毛色)四种;根据它们的生产性能又可分为乳用单峰驼(2500kg/峰/季度)、肉用单峰驼和赛用单峰驼。虽然单峰驼在以前的分类中表现出很大的多样性,但仍然缺乏基于基因组数据的综合育种系统,以进一步提高其生产性能。本研究对来自阿拉伯半岛的6峰单峰驼(4峰乳用驼和2峰赛用驼)进行了全基因组测序,对其群体结构和遗传多样性进行了研究,并通过滑动窗口的方法确定了产奶相关的候选基因片段。通过测序发现每峰单峰驼的80%的原始数据比对到了参考基因组序列上,平均测序深度达到了12X;在赛用单峰驼基因组中共获得了233万个SNP变异位点,31.3万个Indel位点;在乳用单峰驼基因组中共获得了230万个SNP变异位点,30.9万个Indel位点。主成分分析的结果发现,主成分PC2将乳用单峰驼和赛用单峰驼明显分开。为了确定产奶量相关的候选基因片段,我们采用50kb的滑动窗口(步长为25kb)计算了基因组区内的杂合度,共发现了189个候选基因片段,覆盖了128个scaffolds。进一步,对这些所选的基因片段进行了功能注释并注释到了生长激素受体(GHR)和免疫球蛋白两个基因组区段中。最后,Hussain Bahbahani专家对此次工作做了一个总结:

1)进一步采用来自不同地区的大样本量来验证此次工作的结果;

2)进一步对单峰驼基因组进行注释完善参考基因组是必须的;

3)对不同单峰驼样本进行表型数据的收集并采用基因组和表型数据关联分析的方法最终确定表型相关的基因片段。

Hussain Bahbahani教授在做学术报告

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